Em 2006, o mestrado em Ciências Veterinárias, hoje o Programa de Pós-Graduação em Ciência Animal (PPGCA) com cursos de mestrado e doutorado, atendendo as áreas de formação das ciências agrárias e áreas afins. Este curso titulou, em seus 13 anos, 167 mestres para atender aos setores da pecuária na elucidação de problemas da cadeia produtiva dos produtos de origem animal, nas doenças parasitárias, bacterianas, virais, nutricionais e reprodutivas dos animais de produção e pets. O programa, também desenvolve pesquisas e ações voltadas as zoonoses, como por exemplo a raiva bovina e canina, febre aftosa, leishmaniose, conhecimento da biodiversidade da fauna silvestre e do meio ambiente.
Em 2006, teve início o primeiro curso stricto sensu da UEMA na área de avaliação em Medicina Veterinária autorizado pela CAPES, Mestrado em Ciências Veterinárias, que iniciou a primeira turma com dez alunos, todos graduados em Medicina Veterinária. No ano de 2009, as áreas de concentração e linhas de pesquisa foram reformuladas e, em 2011, por meio do ofício CAA 189-17/2011/CAA/CGAA/BAV/CAPES, datado de 18/07/2011, passou a ser denominado de Curso de Mestrado em Ciência Animal. Essa mudança permitiu inserir outros profissionais além de Médicos Veterinários, incluindo Biólogos, Zootecnistas, Agrônomos, Engenheiro de Pesca e de outras áreas afins alinhadas às linhas de pesquisa. Em 2019, com a aprovação do APCN de doutorado, motivada com a evolução conceitual da avaliação quadrienal (2013-2016) passa do conceito (3) para o conceito (4), compondo um Programa de Pós-Graduação em Ciência Animal com os dois cursos. O Curso de Mestrado e o Curso de Doutorado, passando então a ser chamar Programa de Pós-graduação em Ciência animal, com uma única área de Concentração em Medicina Veterinária Preventiva, Reprodução e Conservação Animal, com duas linhas de Pesquisa (1) Epidemiologia, Patogênese, Controle de Doenças de Animais e Microbiologia dos Alimentos e (2) Morfofisiologia, Conservação, Citogenética e Reprodução Animal. O cruso conta com de 18 docentes tendo equilíbrio na distribuição dos docentes entre as duas linhas de pesquisa sendo, 9 para 9 no total.