A ceratite ulcerativa ou úlcera de córnea é uma das doenças oftálmicas mais comuns em cães e é considerada uma urgência oftálmica. As úlceras são classificadas em complicadas e não complicadas e frequentemente podem ser contaminadas por microrganismos patogênicos presentes na superfície ocular. O trabalho teve como objetivo caracterizar a microbiota ocular de cães com diferentes tipos de úlcera de córnea. Os animais foram atendidos no Setor de Oftalmologia do Hospital Veterinário Universitário da Universidade Estadual do Maranhão – UEMA, no período de setembro de 2023 a fevereiro de 2024. Após a contenção adequada, foram coletadas duas amostras diretamente da lesão, sem limpeza prévia, utilizando-se um swab estéril para isolamento e identificação de bactérias e fungos. Os resultados indicaram que a bactéria de maior ocorrência nas amostras de úlceras não complicadas foi Staphylococcus spp., seguida por Enterococcus spp. e Citrobacter spp., enquanto Staphylococcus aureus foi mais observada nas úlceras complicadas, seguida por Enterococcus spp. e Proteus mirabilis. O fungo de maior ocorrência foi Aspergillus spp. No entanto, outras espécies também foram isoladas, demonstrando diversidade na infecção da microbiota ocular. Houve uma alta taxa de crescimento bacteriano em pacientes com ceratite ulcerativa que fizeram uso prévio de antibióticos, o que destaca a importância de avaliar fatores como a escolha apropriada do antibiótico, a duração do tratamento e a adesão às recomendações médicas.